肾结石可能长期存在而无症状，特别是较大的结石，较小的结石活动范围大，当小结石进入肾盂输尿管连接部或输尿管时，引起输尿管剧烈的蠕动，以促使结石排出，于是出现绞痛和血尿，肾结石引起的疼痛可分为钝痛和绞痛，40%-50%的患者都有间隙发作的疼痛史，疼痛常位于腰部和腹部，多数呈阵发性，亦可为持续疼痛。有的疼痛可能仅表现为腰部酸胀不适，活动或劳动可促使疼痛发作或加重。肾结石绞痛呈严重刀割样痛，常突然发作，疼痛常放射至下腹部、腹股沟或股内侧。肾绞痛发作时，患者呈急性病容，蜷曲在床，两手紧压腹部或腰部，甚至在床上翻滚，呻吟不已。肾绞痛严重时，患者可出现面色苍白，全身出冷汗，脉细而速，甚至血压下降等症状。
血尿是肾结石的另一主要症状。疼痛时，往往伴发肉眼血尿或镜下血尿，以后者居多，大量肉眼血尿并不多见，体力活动后血尿可加重。肾结石的常见并发症是梗阻和感染，不少病例因尿路梗阻症状就医。梗阻则可引起肾积水，出现上腹部或腰部肿块。
